1969年10月“第一号通令”对苏备战，不光北京的13所高校向南方和三线地区疏散，当时哈尔滨由于地理位置上的原因，立即成了准备对苏作战的前线，中国国防工业顶尖学府——哈军工（中国人民解放军军事工程学院，1966年改制为哈尔滨工程学院）也进行了紧急疏散。当时黑龙江省革委会报告说“黑龙江省地处反修前线，苏修重兵压境，谈判进入尾声，战争爆发的可能性很大”。中央军委办事组、国防科委和各总部研究决定，哈工程（哈军工）的导弹工程系、电子工程系、计算机工程系工3个系15个专业，以及融入哈工大火箭方面的5个专业，合并为17个专业，一同南迁，哈尔滨只派部分教职员工留守。时任国防科委副主任的赵启民指示：“这次搬家，教师队伍要纯，搞尖端不适合的要处理，留下来的人要精干，越精干越好……回去把精密仪器包装好，剩下的，敌人来了要炸掉！”

当时哈工程考察了长沙、重庆、贵阳三个选址，看中了长沙中南矿冶学院的校址，但后者不肯移交房子，最终在浏阳河边长沙工程兵学院（已停办）的地皮。1970年搬迁工作正式开始。按军委办事组和国务院批示，哈工程的大多数院系搬往长沙，归七机部、湖南省革委会和广州军区共同管理，改名为长沙工学院，1978年改名为国防科技大学。航空工程系搬往西安，并入西北工业大学。原子工程系搬往重庆，与哈工大相关专业合并成为重庆工业大学（后于1974年撤销，搬回哈尔滨）。船舶工程系原拟搬往武汉，但只有部分专业搬走，主体留在原址，即后来的哈尔滨船舶工程学院，1994年更名为哈尔滨工程大学。

1969-1970年自北京外迁的十三所高校：

中国科学技术大学→迁往合肥
北京建筑工业学院→常德→武汉→武汉理工大学
北京轻工业学院→咸阳→西安→陕西科技大学
北京机械学院→汉中→西安→西安理工大学
北京电力学院→邯郸→保定→华北电力大学（北京+保定）
北京水利水电学院→邯郸→郑州→华北水利水电大学
北京石油学院→东营→中国石油大学（北京+东营/青岛）
北京地质学院→江陵→武汉→中国地质大学（北京+武汉）
北京矿业学院→合川→徐州→中国矿业大学（北京+徐州）
北京农业大学→甘泉→延安→涿县→中国农业大学（北京）
北京农业机械化学院→重庆→邢台→北京农业工程大学（后并入中国农大）
北京林学院→丽江→大理→昆明→北京林业大学
北京铁道学院→石家庄→北京交通大学

北京钢铁学院（北京科技大学）当时拟迁往江西余干，后来又考察了与云南昆明工学院合并的条件，但总理向主席反映，华北地区很多钢铁工业，不能没有钢铁学院，因此留在了北京。北京化工学院也没有外迁，但对专业进行了大幅度调整，停办了全部尖端绝密专业。

1969~1970年停办撤销的北京地区本科高校：
中国人民大学→江西余江→解散→1978年复校
北京外贸学院→河南固始→解散→1973年复校→对外经济贸易大学
北京经济学院→河南息县→解散→1973年复校→首都经济贸易大学
北京政法学院→安徽濉溪→解散→1979年复校→中国政法大学
北京商学院→1978年复校→北京工商大学
北京广播学院→1973年复校→中国传媒大学
中央财政金融学院→1978年复校→中央财经大学
协和医学院→1979年复校
国际关系学院→1978年复校
外交学院→1978年复校

清华、北大的整体规模太大，搬迁难度高，加上当时“两校”特殊的政治地位，没有整体南迁，但大批师生下放江西鲤鱼洲等地，在当地创办了干校、农场（后来变为江西分校）。